Группа была вскоре распущена, однако в 1989 воссоединилась под именем Megatherion, взятом из названия альбома группы Celtic Frost, и позднее сокращенном до Therion. Кристофер Йонссон во вновь организованном коллективе стал играть на гитаре, вторым гитаристом стал Петер Ханссон, барабанщиком — Оскар Форсс, басистом — Эрик Густафссон, а место вокалиста занял Матти Кярки (позднее перешедший в Dismember. В таком составе была выпущена первая демозапись группы Paroxysmal Holocaust, после выхода которой группу покинул Матти Кярки, а место за микрофоном занялКристофер Йонссон, став «поющим гитаристом». В таком составе была выпущена очередная демозапись Beyond The Darkest Veils Of Inner Wickedness, вышедшая в том же 1989 году. В 1990 году Therion выпустили очередную демозапись Time Shall Tell. В 1991 году на лейбле Deaf Records издаётся дебютный альбом группы ...Of Darkness, после записи которого группу покидает басист Эрик Густафссон. Партии бас-гитары на новом альбоме Beyond Sanctorum, вышедшем в 1992 году, исполняютПетер Ханссон (он же играет на гитаре и клавишных) и Кристофер Йонссон, также исполняющий гитарную и вокальную партии. На место лидер гитариста был взят Магнус Эклёв. Также в составе группы появились вокалистка — Анна Гранквист и вокалистФредрик Лундквист. На этом альбоме уже слышны некоторые изменения в музыке группы: использованы клавишные, появились чистый мужской и женский вокалы, были использованы персидские мелодические мотивы, хотя данный альбом по-прежнему представлял собой различные вариации дет-метала, и группа продолжала оставаться в андеграунде. В поддержку альбомаBeyond Sanctorum был совершён первый тур за пределы Швеции. После выпуска второго альбома Therion выступают на фестивале Metalmania в 1992 году.

Перед записью третьего альбома Symphony Masses - Ho Drakon Ho Megas из прежнего состава группы остался только Кристофер Йонссон, который на новом альбоме исполнил вокальные, гитарные и клавишные партии. Новыми участниками коллектива сталиПётр Вавженюк — ударные, Магнус Бартельссон — гитара и Андреас Валлан Валь — бас-гитара. Новый альбом увидел свет в1993 году. В его поддержку был совершён тур по Германии. С каждым альбомом в творчестве группы появлялось все больше экспериментов с клавишными инструментами, несколько песен были записаны с приглашенными вокалистками, усилилось влияние дум-метал. В 1994 группа переходит на крупный немецкий лейбл Nuclear Blast и в очередной раз меняет свой состав. Перед первым альбомом для Nuclear Blast на этом же лейбле был выпущен сингл The Beauty in Black, на котором все партии гитары, клавиш и вокала исполнил Кристофер Йонссон, басистом выступил Фредрик Исаксон, а барабанщиком — Пётр Вавженюк. Также для записи были приглашены сопрано-певица Клаудиа Мария Мокри (прославившаяся участием в записи альбома Into the Pandemonium группы Celtic Frost) и бас- баритон певец Ганс Грёнинг. С выходом данного сингла группа окончательно уходит от дет-метала. Сингл и последующий альбом Lepaca Kliffoth были записаны в берлинской Music Lab Studio. После выхода этого релиза последовало турне с Annihilator. В записи альбома Lepaca Kliffoth (выпущенного в 1995 году) партии лидер-гитары исполнил Харрис Джонс, а парию дополнительного вокала Ян. Группа открыто использует женский вокал, а стиль напоминает дет-дум. Продюсером альбома выступил Харрис Джонс, работавший с группами Sodom, Kreator, Tankard. На песню Beauty in Black был снят видеоклип, который снимался в шведском средневековом замке.

В 1996 году выходят сингл Siren of the Woods и альбом Theli (записан в период с января по март 1996 года в студии Impuls), на которых группа в очередной раз изменила свои звучание (создав новое направление в тяжёлой музыке — симфонический металл) и состав. В записи новых релизов принимали участие: Кристофер Йонссон(гитары, вокалы, клавишные), Пётр Вавженюк (ударные, вокалы, перкуссия), Ларс Розенберг (бас-гитара), Йонас Мелберг (гитара, акустическая гитара и клавишные), Дан Сванё (вокалы), Анья Кренц (сольное сопрано), Аксель Пац (бас-баритон соло), Ян Петер Генкель (рояль, клавишные, программирование), Готтфрид Кох (клавишные, программирование), Хор Северогерманского радио и Хор Сирен. Песня «Siren of the Woods», была написана на древнем аккадском языке. Лирика альбома была основана на концепциях видения мира Кристофера Йонссона, состоящего в Ложе Красного Дракона. Тексты некоторых песен были написаны им в соавторстве с основателем ложи Томасом Карлссоном. Альбом стал прорывом для группы и впервые в её истории разошёлся крупными тиражами, завоевав Therion широкую популярность. В поддержку альбома группа провела тур с прогрессив — готик/дум-метал-группой Amorphis. Кристофер параллельно записал саундтреки к фильму «The Golden Embrace», использовавшиеся на вышедшем в 1997 году сборнике A’arab Zaraq — Lucid Dreaming, приуроченном к 10-летнему юбилею существования группы. Помимо данных саундтреков на сборник попали их симфо-металлические версии, две новые песни, кавер-версии песен групп Scorpions, Iron Maiden, Running Wild, Judas Priest, симфо-металлическая инструментальная аранжировка песни «Symphony of the dead», дет-метал-оригинал которой можно обнаружить на альбоме Beyond Sanctorum. В записи сборника приняли участие Кристофер Йонссон (гитара, клавишные, орган Хаммонда и рояль), Пётр Вавженюк (ударные, вокалы), Ларс Розенберг (бас-гитара), Йонас Мелберг (гитара, клавишные), Дан Сванё (вокалы), Тобиас Сидегард (вокал), Петер Тэгтгрен (дополнительная лидер-гитара), Готтфрид Кох (акустическая гитара, рояль),Беттина Штумм и Рафаэла Майхаус (сопрано), Мари-Терезе Кубель (альт), Эргин Онат (баритон), Клаус Бюлов и Йоахим Гебхардт (бас).

Тематическим продолжением «Theli» стали сингл «Eye of Shiva» (1998 год), альбомы «Vovin» (1998 год), «Crowning of Atlantis» (1999 год) и «Deggial» (2000 год), развивающие идею симфо-метала. Звучание стало более мягким, а оркестры и хоры использовались еще активнее. В записи сингла «Eye of Shiva» и альбома «Vovin» (записан в студии Woodhouse Studio) принимали участие Кристофер Йонссон (гитара, клавишные), Томми Эрикссон (гитара), Вольф Симонс (ударные), Ян Казда (бас-гитара), Вальдемар Сорыхта и Зигги Бемм (дополнительные гитары), Лоренц Аспен (Theatre of Tragedy, орган Хаммонда), Ральф Шиперс (Primal Fear, лидер-вокал),Мартина Хорнбахер ((из Dreams of Sanity) и Сара Джезебель Дева (альт сольно и дуэтом, сопрано), Айлин Кюппер и Ангелика Мярц (сопрано), Дороти Фишер и Анне Трибут (альт), Макс Цилотек и Грегор Диппель (тенор), Хавьер Сапатер и Йохен Бауэр (бас), а также Indigo Orchestra. Альбом попал в чарты в Германии и достиг 46-го места.

Альбом «Crowning of Atlantis» содержит редкие композиции, три песни, записанных на концертах и кавер-версии песен групп Manowar и Accept. В его записи участвовали:Кристофер Йонссон (гитары, клавишные), Томми Эрикссон (гитары), Вольф Симонс и Сами Карппинен (ударные), Ян Казда (бас-гитара, акустическая гитара), Вальдемар Сорыхта (дополнительные гитары, соло, второе соло), Ральф Шиперс (вокалы), Айлин Кюппер и Ангелика Мярц (сопрано), Мартина Хорнбахер, Сара Джезебель Дева иКоссима Руссо (вокалы), Анне Трибут (альт), Йорг Браюкер (бас, сольный тенор), Йохен Бауэр (бас), а также Indigo Orchestra. Вольф Симонс покинул группу во время записи альбома, поэтому в составе указаны два барабанщика. Также после записи альбома роль басиста на время турне в поддержку альбома занял Ким Бломквист.

Перед записью альбома «Deggial» состав Therion изменился в очередной раз. В записи приняли участие Кристофер Джонсон (гитары, клавишные), Кристиан Ниеманн(лидер-гитара), Йохан Ниеманн (бас-гитара, акустическая гитара), Сами Карппинен (ударные), Ханси Кюрш ((из Blind Guardian) лидер-вокал), Ян Казда (акустическая гитара), Александер Шиммерот (пианино), а также различные оркестры и хоры. В чартах в Германии «Deggial» достиг 43-го места.

К группе присоединились братья Кристиан и Йохан Ниеманны, стабилизировав постоянно меняющийся состав группы. С их участием в 2001 вышел один из наиболее успешных альбомов Therion, концептуальный Secret of the Runes, посвященный девяти мирам в скандинавской мифологии. Therion также приняли участие в альбоме каверов на песни группы ABBA, перепев в своем стиле песню SummerNight City.

За «Загадкой рун» последовали сразу два выпущенных одновременно альбома: Sirius B и Lemuria, на которых группа продемонстрировала некоторое влияние пауэр-метал. С туром в поддержку альбома группа проехала по многим странам, в том числе и России, где Кристофер исполнил Гимн России на гитаре. Видеозапись концерта в Мексике вышла на DVD Celebrators of Becoming.

Наконец, в 2007 году вышел на двух дисках новый альбом Gothic Kabbalah. Альбом оказался новым экспериментом, музыка стала более тяжёлой и с опорой на гитарные риффы. Это также первый альбом, на котором музыка была написана не только Кристофером Йонсоном, но и остальными участниками группы (братьями Ниеманнами, Матсом Левеном, Сноуи Шоу и Петером Карлсоном). Лирику как обычно создал Томас Карлсон.

К слову, Матс Левен в 1995 году участвовал в проекте лидера Candlemass Лейфа Эдлинга (Leif Edling) Abstrakt Algebra, пока основной коллектив пребывал в роспуске. АСноуи Шоу был некоторое время ударником у самого Кинга Даймонда, а также был одним из основателей группы Memento Mori, где вокалистом опять же был экс-Candlemass-певец Мессия Марколин.

В поддержку альбома был проведён тур, по итогам которого был выпущен концертный альбом Live Gothic. На песню Son of the Staves of Time был снят видеоклип.

Состав Therion продержался в таком виде до 2007 года. Сначала из группы был уволен вокалист Матс Левен. Причиной, по словам Кристофера, стали амбиции: «Матс — прирождённый фронтмен. Когда ему приходилось ограничиваться ролью одного из четырех вокалистов… мы на сцене чувствовали его дискомфорт». Его место занял Томас Викстрём из Candlemass. Затем в 2008 году было объявлено о полном роспуске инструментального состава Therion по окончании концертного тура — из-за вкусовых разногласий и занятости музыкантов в сторонних проектах. Кристофер Йонссон собрал новый состав. В него вошли прежний гитарист Therion Магнус Бартельссон, бас-гитарист Налле Польссон и ударник Йохан Кулеберг. В группе остаётся и весь прежний состав вокалистов, причем Томас Викстрём отныне будет официальным «фронтменом» Therion. Именно Томас привёл в группу Пальссона и Кулеберга.

В таком составе Therion записали новый альбом Sitra Ahra, который вышел в сентябре 2010 года на лейбле Nuclear Blast. Диск был смикширован в студии Polar в Стокгольме Леннартом Остлундом.